По КБК из первичной декларации обнуление не сделали, а по КБК из уточненки начисление провели.
Проблема с отрицательным сальдо возникла из-за того, что уточненка отражается на ЕНС совсем по иным правилам, нежели первичный отчет.
Суммы налога к доначислению отражают сразу, а к уменьшению – только после камералки, которая идет 3 месяца.
Коллеги, побывавшие в аналогичной ситуации, рассказывают, что просили налоговиков ускорить проверку. И те пошли на встречу. За месяц камералка завершилась и сальдо ЕНС пришло в норму.