На основании п. 1 ст. 346.17 НК при определении на упрощенке объекта налогообложения учитывают доходы, определяемые в порядке, установленном п. 1 и 2 ст. 248 Кодекса.
То есть УСН считают с выручки за минусом НДС.
При определении доходов из них исключают суммы налогов, предъявленные в соответствии с НК налогоплательщиком покупателю товаров, работ, услуг, имущественных прав. Это как раз про НДС.